在20世纪80年代，宁静的地球突然遭到外星人的攻击，在另一种文明的侵略下，地球军节节败退，情况万分危急。这时在日本东京市惠比寿的地下，一个名为VASPER的神秘组织在此成立，首领为东.维斯帕，司令官为大门 隼人。VASPER其使命，便是对付目前地球所遭受的危机，拯救即将灭亡的人类（很类似EVA呢，不愧是出自同一公司）。
VASPER组织用于和外星人对抗的终级武器名为ANDROID，它的外形是经过强化的机器人少女（为什么又是少女？答：PL），拥有强大的力量和敏捷的反应。其中一名叫真幌的ANDROID是其中的佼佼者，编号V1046-R的她在战斗中表现出色，立下赫赫战功。9年后，真幌作为战斗用美少女机器人即将到达使用期限，由于她为保卫地球所作的贡献，VASPER决心在她生命中最后的时间里，让她去选择最后的生活。
在VASPER组织中有一个特殊的人，令真幌无法忘怀。他叫美里良，是真幌的上司，在战斗中他为了保护真幌不幸死于外星人之手。因为这份无法忘怀的因缘，真幌来到了上司的儿子美里优身边。在优8岁时，母亲死于交通事故。然而父亲也因为在VASPER工作的关系，不得不对他隐瞒身份。当父亲战死时，优得到的噩耗是父亲死于海外工程现场的爆炸事故。对幕后的一切都一无所知的优，在父母双亡后坚强地生活到了14岁（GAINAX谜一样的14岁怪圈啊~），性格虽然有些软弱内向，但却有着很强烈的正义感。
真幌走进了优的生活，也让优身边的人际关系发生了微妙的变化。她是作为女仆和优生活在一起的，两人之间很快就产生了微妙的感情。然而真幌的生命，只剩下398天，在这398天后，他们的缘分又该何去何从呢？
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